Tidenes mestscorende United-spiller tok det første straffesparket for DC United etter at det stod 2-2 etter ekstraomganger.
Rooneys straffespark ble imidlertid reddet av Columbus Crews keeper Zack Steffen.
Luciano Acosta og Nick DeLeon misbrukte også sine forsøk fra ellevemeteren da Rooneys klubb tapte straffespark konkurransen 2-3.
– Det er skuffende å tape på straffer, men som lag kan vi være ekstremt stolte av det vi har prestert de siste månedene, sa Rooney til pressen etter kampen.
Annonse
– Play-off var egentlig utenfor vår rekkevidde, men da vi likevel kvalifiserte oss har vi sørget for å bringe tilbake troen hos fansen og spillerne og vi må bygge videre på det, sa Rooney videre.
DC United lå sist i Eastern Conference da Rooney ankom i juni. Med tolv mål og syv målgivende sørget imidlertid Rooney for at DC United klatret helt opp til en Play-off-plass.